A primeira fase da Federação Nacional de Estudantes de Relações Internacionais, que foi do ano de 1997 ao ano 2004, foi o período de fundação da FENERI, marcado pela formação e desenvolvimento da proposta da criação de uma Federação. Esse período foi marcado principalmente pela definição das regras básicas de funcionamento da instituição como a elaboração de um Estatuto, Regimento Interno, a definição dos objetivos, da missão da FENERI perante os alunos de Relações Internacionais do Brasil, seu campo de atuação e de suas atividades.

Esta etapa da formação da Federação ficou marcada pelo pioneirismo das atividades na área de Relações Internacionais vinculadas ao meio acadêmico. O ENERI, Encontro Nacional de Relações Internacionais, neste período, teve sua consolidação como maior evento da área no país confirmada passando de modestos 300 inscritos em 1997 para 2.000 alunos de todo o país atendendo as palestras e discussões em 2004 na cidade de Florianópolis.

  Entre os anos de 2003 e 2004, as discussões dentro da FENERI ainda envolvem assuntos sobre a estruturação interna, desta vez com objetivos definidos e visão prática sobre os procedimentos institucionais, concretização e fortalecimento da Secretaria Geral. Nesse período o Estatuto da Federação é aprovado em Assembléia Geral e o registro da FENERI se torna realidade. A partir desta consolidação legal da Federação, os projetos começam a se concretizar por meio dos esforços dos CIERIs, Conselhos Institucionais de Estudantes de Relações Internacionais que trabalharam para este fim. Projetos como o Jornal da FENERI, Livro, CD-ROM e Website saem do papel e chegam às mãos dos estudantes de Relações Internacionais de todos o país.

  Uma maior fiscalização por parte da Secretaria Geral à organização do ENERI, principal fonte de recursos até então e aumentou a integração entre CIERIs e Universidades bem como o número de filiados. Outra preocupação da FENERI, iniciada durante esse período, foi a projeção externa da instituição por meio de campanhas publicitárias, divulgação da marca FENERI durante o ENERI e outros eventos da área, busca de parceiros externos como Empresas Juniores, Agências de Intercâmbio e Publicações da área, além dos primeiros contatos institucionais com o outras entidades de base representativa estudantil e profissional na Argentina com a Confederación de Estudiantes y Egresados en Relaciones Internacionales – CEERI e no Uruguai com o Colegio de Licenciados de Relaciones Internacionales del Uruguay – COLRRIIU. Foi devido a essas parcerias que nasceu o embrião da Confederação Latino-Americana de Relações Internacionais.