A fase inicial de fundação da Federação Nacional de Estudantes de Relações Internacionais deu-se no período de 1997 a 2004. Durante estes anos, foram decididas regras de funcionamento com a elaboração de um Estatuto e Regimento Interno, projetos, campo de atuação e atividades. Esta etapa ficou marcada pelo pioneirismo das atividades estudantis na área de Relações Internacionais.

Com o passar dos anos, as discussões dentro da FENERI ganharam força e objetividade, resultando assim na concretização e no fortalecimento da Secretaria Geral. No período de 2003 e 2004 o Estatuto da Federação foi aprovado pela Assembléia Geral e o registro da FENERI se tornou realidade.

A partir da consolidação legal da Federação, os projetos começaram a se concretizar por meio dos esforços dos CIERIs, Conselhos Institucionais de Estudantes de Relações de Internacionais, que auxiliam a FENERI no desenvolvimento dos projetos e na divulgação da própria Federação.  Inicia-se também, neste período um projeto de alcance externo da instituição por meio de campanhas publicitárias, divulgação da FENERI durante o ENERI, e outros eventos da área.

Desde 2004 a FENERI está institucionalmente reconhecida pelo seu corpo social, os estudantes de Relações Internacionais, e desde então continua seus trabalhos de consolidação do curso no país.